Saat berlangsungnya Musyawarah Marburg, Suleiman I sedang mengepung Wina dengan sepasukan Osmanli (Ottoman) berkekuatan besar.[166] Luther pernah menentang perlawanan terhadap orang-orang Turki dalam Penjelasan 95 Tesis karyanya tahun 1518, menyerukan untuk menerima kekalahan tanpa melawan mereka. Beliau melihat orang-orang Turki sebagai suatu cambuk yang dikirim oleh Tuhan untuk menghukum orang-orang Kristen, sebagai agen-agen apokalips biblis yang akan menghancurkan antikristus, yang Luther yakini sebagai kepausan dan Gereja Roma.[167] Beliau senantiasa menolak gagasan akan Perang Suci, "seakan-akan bangsa kita adalah sepasukan orang-orang Kristen yang melawan orang-orang Turki, yang adalah musuh-musuh Kristus. Ini benar-benar bertentangan dengan nama dan doktrin Kristus".[168] Di sisi lain, selaras dengan doktrin dua kerajaan yang dicetuskannya, Luther mendukung perang non-religi melawan orang-orang Turki.[169] Pada 1526, beliau berargumen dalam Apakah Prajurit-Prajurit dapat berada dalam Keadaan Rahmat bahawa pertahanan nasional merupakan alasan untuk melangsungkan perang yang dapat dibenarkan.[170] Pada 1529, dalam Tentang Perang Melawan Turki, beliau giat mendesak Kaisar Karl V dan bangsa Jerman untuk melakukan suatu perang sekuler melawan orang-orang Turki.[171] Bagaimanapun, beliau menjelaskan bahawa perang rohani melawan iman orang asing dilakukan secara tersendiri, untuk dilancarkan melalui doa dan pertobatan.[172] Sekitar waktu Pengepungan Wina, Luther menulis satu doa demi pembebasan secara nasional dari orang-orang Turki, meminta Tuhan untuk "memberikan kepada kaisar kami kemenangan abadi atas musuh-musuh kami".[173]

Luther kemudian memproduksi beberapa pamflet kritis tentang yang disebutnya "Mohammedanisme" ataupun "si Turki" (Türken).[174] Kendati Luther menganggap "si Turki" sebagai "suatu alat dari Iblis",[175] beliau bersikap tidak acuh terhadap praktiknya: "Biarlah si Turki percaya dan hidup sebagaimana beliau kehendaki, sama seperti orang membiarkan kepausan dan orang Kristen palsu lainnya hidup."[176] Pada 1542, Luther membaca suatu Al-Qur'an (kitab suci dari keimanan "si Turki") terjemahan Latin yang "diterjemahkan dengan buruk",[177] kemudian beliau menentang pelarangan publikasinya dan menginginkannya agar diekspos untuk dicermati.[178]